La historia de este pueblo antiquísimo llamado Atotonilquillo comienza poco antes de la llegada de los españoles a nuestras tierras, pueblo ubicado dentro de la zona  de lo que hoy se le conoce como el Occidente de México abarcando los estados de Guanajuato, Michoacán, Colima, Nayarit, y Jalisco.

        Hasta el momento no se sabe la fecha exacta de fundación de Atotonilco (hoy Atotonilquillo), pero según las crónicas y el códice Mendocino esta sucedió entre los años 1200 a 1300 de nuestra era, a las orillas del rió Chicnauapan o rió de las nueve aguas ( hoy Rió Santiago) en su margen derecho, donde en una pequeña elevación de terreno se han encontrado  vestigios inequívocos de su primordial fundación como  puntas de lanzas, cerámica, ollas de barro monocromas, vasijas antropomorfas y zoomorfas, figurillas de jade, barro y hueso, instrumentos musicales como silbatos y caracoles marinos

perforados;  los naturales vivían en chozas construidas de carrizo, paja y adobe llamadas Guachimontones los cuales servían a la vez como tumbas, los habitantes generalmente andaban semidesnudos y eran politeístas (adoraban a varios dioses) entre ellos Ixtlacalteotl (relacionado con Tláloc el dios de la lluvia) y Pinzintli  (Señor de la noche).

El origen étnico de Atotonilco proviene de la separación de algunas familias nahuas de su largo peregrinar, formando en esta área geográfica conocida también como Chimalhucan una nueva familia denominada Coca abarcando varios pueblos en las orillas de Chapala, respecto, hablando de la lengua que aquí se hablaba propiamente era la Coca, los vestigios artesanales encontradas en las inmediaciones de su asentamiento como tepalcates y cerámica corresponden a los estilos cerámicos de Chapala.

Atotonilco obtuvo su nombre a raíz de la infinidad de los manantiales de agua termal ubicados en sus inmediaciones el cual quiere decir en lengua Náhuatl

Atl = agua   

Totonil = calentar más o más caliente    

Co = lugar

            Al unir estos vocablos etimológicos quiere decir  "Lugar de Agua Caliente" .

        A la llegada de los españoles a México y poco después de conquistar Tenochtitlán,  a Nuño Beltrán de Guzmán le fue encomendado adentrarse al occidente de México y conquistar todos los pueblos que encontrara, guiado por un indio llamado Chetacotpochen del señorío de Tlajomulco, llego primero a Poncitlán  y de ahí hacían sus entradas a los pueblos comarcados entre ellos  Atotonilco. 

Época Colonial

Después la conquista, llega a Atotonilco la colonización  y  junto a ella la evangelización de los naturales hecha por frailes franciscanos radicados en Poncitlán,  entre los cuales figuraban Fr. Juan de Padilla, Fr. Martín de Jesús y Fr. Miguel de Bolonia, la evangelización inicio en su primer asentamiento, pero debido a las constantes  inundaciones del  rió grande de Santiago tuvieron que trasladarse hacia un lugar mas seguro para los pobladores, fue así como se fundo su segundo asentamiento siendo este mas hacia el sur  a unos 300 metros mas arriba, fundándose posiblemente  en los primeros años de 1700 una nueva iglesia católica, que pudo haber sido concluida en el año de  1794  teniendo como patrón a  San Gaspar, de donde toma su nuevo nombre "Atotonilco San Gaspar",  en su interior se encontraron vasijas de barro y bellos murales.

        La iglesia de San Gaspar contaba con jardines, huerta y hospital propios, en el año de 1775 le fue presentado al Señor Obispo Fray Antonio Alcalde el libro del hospital e iglesia de Atotonilco el Baxo en su visita pastoral a Poncitlán.

           Durante esta misma época, para diferenciarlo de Atotonilco el alto, se le incrementa “el bajo” y a partir de 1878 se le llama oficialmente Atotonilquillo, respetando Atotonil  y aumentando el despectivo diminutivo de la lengua castellana “quillo”. Mucha gente comenta que el pueblo era conocido como Atotonolco San Gaspar siendo esto falso, ya que el vocablo Atotonolco no existe en la lengua náhuatl y es resultado de una deformación fonética que los españoles hicieron de Atotonilco.

La Independencia

       Sobre esta etapa solo un dato importante se conoce  hasta el momento el cual nos relata que el 25 de noviembre de 1810 pernocto el Cura Don Miguel Hidalgo y Costilla  bajo  una frondosa higuera ubicada a un costado del templo de  San Gaspar ( hoy conocida como "el zalate")  en su viaje de Guanajuato a Guadalajara.

La Revolución

        En la Revolución no hay datos de la participación de la comunidad, solo se sabe que para el año de 1923, nace por resolución presidencial en Atotonilquillo la comunidad agraria mas grande y mejor dotada de estos contornos, gracias a la vasta visión del Sr. David S. López.

La Cristiada

        De esta lucha que se origino a raíz de la ley  Calles, la cual prohibía la religión en todo el país se desato mas propiamente en el occidente y mas aun en los estados de Jalisco y Zacatecas su defensa, luchando para defender y realizar el culto religioso, cuentan las gentes adultas de Atotonilquillo que hubo un tiempo en que los cristeros se atrincheraron en el Molino de Corona esperando pelear con los federales, y para pedir provisiones salían solo por las tardes después de sonar la trompetilla hacia el pueblo.